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Das Gebiet von Herxheim war bereits in der Jungsteinzeit besiedelt. Westlich von Herxheim wurden mit der Grubenanlage von Herxheim Reste einer etwa 7000 Jahre alten Siedlung entdeckt. Im 6. Jahrhundert gründen fränkische Siedler den Ort. Erstmals erwähnt wird Harieschaim 773 in einer Urkunde für das Kloster Weißenburg, als ein Sigibald seinen Besitz dem Kloster überschreibt. Im Rahmen des sogenannten „Weißenburger Klosterraubes“ (985/991) entrissen die Salier Herxheim und andere Besitzungen dem Kloster. Unter dem Saliern wird im Jahr 1004 auf dem Kirchberg eine Kirche errichtet, von der sich der untere Teil des Glockenturms erhalten hat. 1057 gelangte Herxheim durch eine Schenkung des salischen Kaisers Heinrich IV. wieder in geistlichen Besitz, nämlich an das Hochstift Speyer. Bei diesem verblieb Herxheim rund 600 Jahre und unterstand innerhalb diesem dem Oberamt Lauterburg.