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Hermann war der älteste Sohn des Grafen Hermann I. von Werl und der Gerberga von Burgund, einer Tochter des burgundischen Königs Konrad III. Seine Brüder waren Bernhard und Rudolf. Außerdem war er Halbbruder der Kaiserin Gisela von Schwaben und der Mathilde, verheiratet mit Konrad I. von Kärnten, darüber hinaus Cousin von König Heinrich II. und Neffe von König Rudolf III. von Burgund.
Er selbst war zweimal verheiratet. Der Name der ersten Gattin ist unbekannt. Die zweite, die er 1007 heiratete, hieß Godila von Rothenburg. Diese war die Witwe von Graf Liuthar von Walbeck. Aus seiner ersten Ehe gingen Heinrich I., Konrad (I.), Adalbert Graf im Emegau sowie Bernhard II. von Werl und möglicherweise Hermann I. Bischof von Münster hervor. Aus seiner zweiten Ehe stammten die Kinder Rudolf und Mathilde, über die keine näheren Angaben vorliegen.