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Friedrich war ein Sohn des Grafen Konrad II. von Werl-Arnsberg und Mathilde von Northeim, einer Tochter des Grafen Otto von Northeim, Herzog von Bayern. Er selbst war verheiratet mit Adelheid von Limburg, einer Tochter des Herzogs Heinrich I. Aus der Ehe ging die Tochter Ida (teilweise auch als Jutta bezeichnet) als Erbin der Grafschaft Werl-Arnsberg hervor. Diese war in erster Ehe mit Gottfried II. Graf von Cappenberg und in zweiter Ehe mit Gottfried I. Graf von Cuyk verheiratet.