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11.5.1542 Schloss Rosenberg (Gem. Berneck), 18.4.1608 Pruntrut, kath., Sohn des Wilhelm, fürstäbt.-sankt-gall. Obervogts auf Rosenberg, und der Helena von Hallwyl. Bruder des Wolfgang Dietrich (->). Neffe des Diethelm (->). 1557-59 Stud. in Freiburg i.Br. beim Humanisten Glarean, Bakkalaureus Artium. 1555 Exspektanz im Domkapitel Konstanz, 1559 Domherr, 1570 Archidiakon. 1561 Exspektanz im Basler Domkapitel. Am 22.6.1575 einstimmige Wahl zum Bf. von Basel, am 4.5.1576 Bestätigung durch Papst Gregor XIII., darauf Priester- und am 10.2.1577 Bischofsweihe, am 15.11.1577 kaiserl. Investitur.
Die Huldigungsreise hatte B. bereits im Aug. 1575 angetreten. Von 1576 an plante er ein Bündnis mit den kath. Eidgenossen, um bei der Wiederherstellung der fürstbischöfl. Macht im eigenen Gebiet ihre polit. Unterstützung zu gewinnen. Nach kostspieligen Verhandlungen und unter Vermittlung Ludwig Pfyffers von Altishofen sowie der Nuntien Feliciano Ninguarda und Giovanni Francesco Bonomi wurde der gegenseitige Beistandspakt am 28.9.1579 in Luzern unterzeichnet und am 11.1.1580 in Pruntrut beschworen. Damit war die Ausgangsbasis für B.s Ziele geschaffen: Rekatholisierung der Untertanen, Verhinderung weiterer und Abschaffung bestehender Burgrechte, Rückgewinnung versetzter Herrschaften inner- und ausserhalb der Stadt Basel sowie Restitution des Kapitelbesitzes. Nach Pruntrut begann B. mit der Rekatholisierung der deutschsprachigen Vogteien, die teils mit Basel verburgrechtet waren. Der dadurch entstandene Konflikt zwischen Basel und B. wurde vor einem eidg. Schiedsgericht ausgetragen und 1585 im Vertrag von Baden beigelegt. Darin wurden die Burgrechtsverträge Basels mit dem Laufen- und dem Delsbergertal sowie den Freibergen de facto aufgelöst. Die Stadt hatte für ehemals bischöfl. Besitzungen eine hohe Entschädigung (200'000 Gulden) zu bezahlen, und in Glaubensangelegenheiten galt fortan der Grundsatz cuius regio, eius religio. Bereits 1590 waren die deutschsprachigen Vogteien wieder katholisch. Ein ähnl. Vertrag kam 1599 mit Bern zustande (Bieler Tauschhandel): Biel sollte an Bern abgetreten werden, dafür wollte Bern u.a. auf das Burgrecht mit der Propstei Moutier-Grandval verzichten. Die Durchführung scheiterte am Widerstand der kath. Orte. Erst im Vertrag von 1606 wurden die Probleme mit Biel beigelegt: Die Stadt leistete den Treueeid, ihr Einfluss in der Herrschaft Erguel wurde auf das Mannschaftsrecht eingeschränkt und der Burgrechtsvertrag mit der Abtei Bellelay aufgehoben. In den südl. Vogteien blieben die Rekatholisierungsversuche B.s erfolglos.
Die gezielte Reform des Klerus begann B. 1581 mit der Verkündigung neuer Diözesanstatuten auf der Synode in Delsberg. Zwei Visitationsreisen (1586-90, 1601-04) hatten die Feststellung und Behebung von Missständen in den Pfarreien der Diözese zum Ziel. Mit neuen liturg. Büchern suchte B. die Bildung des Klerus zu verbessern. Auch die Offizialität in Altkirch (Elsass) wurde einer Reform unterzogen. Zur Rekrutierung und Ausbildung neuer Priester gründete B. in Pruntrut 1591 ein Jesuitenkolleg und 1606 ein Priesterseminar. Letzteres kam allerdings nie richtig zur Blüte und verschwand nach wenigen Jahrzehnten. Von 1595 an unternahmen die Jesuiten des Kollegs mit grossem Erfolg Volksmissionen in der Diözese.
Hatte der Vertrag von Baden zur Sanierung der zerrütteten wirtschaftl. Lage des Fürstbistums beigetragen, so suchte B. nun mit straffer Nutzung seiner Regalien einer erneuten Verschuldung vorzubeugen. Mit der Wiederinbetriebnahme und dem Ausbau der Bergwerke und Eisenschmieden in Courrendlin, Undervelier und Bellefontaine (Saint-Ursanne) schuf er neue Einnahmequellen. Von 1589 an liess er eigenes Geld prägen. Mit allen Mitteln, so auch mit der Eröffnung einer Druckerei und der Erweiterung seiner Residenz in Pruntrut, baute er seine landesherrl. Macht aus. B. gilt als der Restaurator des darniederliegenden Basler Fürstbistums und als einer der profiliertesten Vertreter der kath. Reform in der Schweiz.