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Um 1228/29 hielt sich Günther gemeinsam mit Kaiser Friedrich II. in Jerusalem auf. 1236 folgte er seinem Vater als Graf von Schwarzburg-Blankenburg und wurde, nach dem Tod seines Bruders Heinrich III., 1259 auch Graf von Schwarzburg.
Im Thüringer Erbfolgekrieg wurde Günther 1248/49 gefangen genommen.
Der Graf gründete 1267 das Kloster zu Saalfeld und 1275 Kloster Ilm zu Stadtilm.