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Agnes wurde als jüngere Tochter von Rudolf IV. von Habsburg und seiner ersten Frau Gertrude von Hohenberg geboren.
Die Habsburger waren ein relativ unbedeutendes Geschlecht, bis Agnes’ Vater Rudolf 1273 zum römisch-deutschen König gewählt wurde. Danach begann der Aufstieg der Habsburger zur Herrscherdynastie des Heiligen Römischen Reiches.
Agnes war das vierte von zehn Kindern. Ihr Bruder Albrecht I. folgte seinem Vater als römisch-deutscher König nach. Ihr Bruder Hartmann ertrank 1281. Rudolf II. wurde Herzog von Schwaben, starb aber 1290. Agnes und ihre Schwestern wurden mit mächtigen Fürsten verheiratet: Mathilde heiratete Ludwig, Herzog von Oberbayern, Katharina Otto III. von Niederbayern, Hedwig Otto VI., Markgraf von Brandenburg-Salzwedel, Klementia Karl Martell, Titularkönig von Ungarn und Guta König Wenzel II. von Böhmen.[1] Dadurch sicherte er sich die Unterstützung der mächtigen Fürsten im Reich.
Nach dem Tod von Agnes’ Mutter 1281, heiratete Rudolf Isabella von Burgund. Diese war, abgesehen von Guta, jünger als ihre Stiefkinder.
Agnes wurde im Franziskanerkloster in Wittenberg beigesetzt. 1883 wurden die Gebeine in die Schlosskirche Wittenberg überführt.