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Ottos Vater war Herzog Heinrich XIII., sein Großvater Herzog Otto II. von Bayern. Über seine Mutter Elisabeth von Ungarn (1236–1271) hatte er Anspruch auf den ungarischen Thron.
Frühe Jahre als Herzog von Niederbayern
Nach einer von seinem Vater herbeigeführten Vereinbarung wurde Otto 1290 alleiniger Herrscher Niederbayerns, und auch als seine Brüder Ludwig III. und Stephan I. seit 1294 mitregierten, ordneten sich diese seinem Befehl unter.
Ottos besonderes Interesse galt dem Erwerb der Steiermark. Aus diesem Grund verfolgte er eine anti-habsburgische Politik und stellte sich auf die Seite Adolfs von Nassau gegen den Habsburger Albrecht von Österreich. 1292 unterstützte Otto den antihabsburgischen Aufstand des Landsberger Bundes in der Steiermark, blieb damit allerdings erfolglos.
1298 kämpfte er, ebenso wie sein oberbayerischer Vetter Rudolf, in der verlorenen Schlacht bei Göllheim vergeblich für Adolf, der hier zu Tode kam, wobei er selbst verwundet wurde. Der neue König Albrecht entzog ihm unter anderem die ehemaligen Staufergüter Parkstein und Weiden, die er König Wenzel II. von Böhmen übertrug.
1261 - 1312 (51 Jahre)