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Mit dem Tod seiner Mutter 1104 verlegte er das Kloster Fischbachau erst nach Petersberg bei Dachau. Dort entstand eine neue Klosterkirche. Damit stiftete er das Sankt Peters Kloster Eisenhofen. Da der Standort, wie auch der in Fischbachau nicht geeignet für ein Kloster war; es herrschte dauernd Wassermangel; versammelte Otto II. 1113 sämtliche Familienangehörige, um zu entscheiden, ob die Stammburg Scheyern in ein KLOSTER umgewandelt werden könnte. Dies sollte die in der Familie vorhandenen zahlreichen BENEDIKTINERKLÖSTER zusammenzuführen. Dem wurde zugestimmt und 1119 wurden die Kloster nach SCHEYERN verlegt und die Burg den Benediktinern übergeben.
Mit dem Tod von BERNHARD I. VON SCHEYERN wurde er ab 1104 Vogt von Freising. Ab 1116 war er Vogt von Weihenstephan.