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Er heiratete am 1. Mai 1497 die Gräfin Margaretha von Waldburg-Sonnenberg (1483–1546). Sie brachte 6000 Gulden Heiratsgut in die Ehe und damit kaufte der Graf 1498 das Lehen Küssaburg (zurück). Sie stiftete gemäß der Überlieferung die Heilig-Kreuz-Kapelle, ihr Vater war der Graf (1452–1483), Eberhard II. von Waldburg-Sonnenberg, ihre Mutter war Anna von Fürstenberg, geboren 1467, beim Tod ihres Mannes (22. April 1483 in Innsbruck), mit 16 Jahren bereits Witwe. Sie heiratete 1489 Sigmund von Schwarzenberg. Margaretha hatte noch eine Schwester, Kunigunde (1482–1538) die 1494 Graf Bernhard III. von Eberstein (1459–1526) heiratete, er war von 1510 bis 1520 Präsident des Reichskammergerichts; sein Vater war Graf Wilhelm IV. von Eberstein.
Rudolf besaß das Bürgerrecht und Burgrecht von Zürich und war damit den Eidgenossen verpflichtet, gleichzeitig war er Mitglied im Sankt Jörgenschild, aus dem 1488 der Schwäbische Bund hervorging. - Er saß also zwischen zwei Stühlen. Dazu war er für Österreich tätig. Dass er in dieser Zeit seine Herrschaft bewahren konnte, ist eine beachtliche Leistung, er war daher auch ein durchaus besonnener Mann, der politisch geschickt taktierte.