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(nicht zu verwechseln mit Werner I. (1025–1096), Graf auf der Habsburg)
Von Kaiser Otto III. (* Juni oder Juli 980 im Reichswald nahe Kessel (Ketil) bei Kleve; † 23. oder 24. Januar 1002 in Castel Paterno bei Faleria, Italien), Ottone, zum Bischof von Straßburg eingesetzt, wurde er erst nach dessen Tod am 4. Mai 1002 ordiniert. Gleich die Anfänge seines Episkopats wurden durch außerordentliche Wirren und kriegerische Unruhen gestört. Werner, durch freundschaftliche Bande von Jugend an mit dem Baiernherzog Heinrich verknüpft, war für dessen Wahl zum deutschen König mit Energie eingetreten, ihn traf dafür der Angriff des Kronprätendenten, des Herzogs Hermann von Schwaben, der das Elsass verwüstend durchzog und sich auch der Stadt Straßburg bemächtigte. Mit wechselndem Glück suchte Werner Widerstand zu leisten, kaum entging er einmal der persönlichen Gefangennahme, bis im Oktober 1002 Herzog Hermann sich König Heinrich II. unterwarf. Zur Entschädigung für seine Verluste erhielt Werner vom König die alte, reichbegüterte Abtei St. Stephan in Straßburg.