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Johanna wurde als älteste Tochter des Grafen Ulrich III. (1281–1324) von Pfirt und seiner Ehefrau Prinzessin Johanna von Mömpelgard (1284–1349), Tochter des Grafen Reinald von Chalon-sur-Saône und Enkelin Herzog Hugos IV. von Burgund, geboren.
Mit dem Tod des letzten Grafen von Pfirt, Ulrich III., im März 1324 in Basel brach in der Geschichte des Elsass eine wichtige Epoche an. Das Erbe, das er seinen beiden Töchtern, Johanna und Ursula, hinterließ, umfasste den Sundgau, die südlichen Vogesen, die Burgunderpforte und den Nordrand des Juras. Auf seinen Vorteil bedacht, reagierte Leopold I. auf die Nachricht vom Tode Ulrichs III. rasch. Er schickte seinen jüngeren, noch unverheirateten Bruder Albrecht zur Witwe, Johanna von Mömpelgard (Jeannette de Montbéliard), damit er um die Hand der ältesten Tochter Johanna anhalte. Die Witwe entschädigte ihre jüngste Tochter Ursula (1315–1367) mit einer statthaften Summe für den Erbverzicht. Die Verhandlungen verliefen erfolgreich, und am 17. März besiegelte sie in Thann den Vertrag mit Albrecht. So verschaffte er den Habsburgern die einzige kompakte politische Einheit im Elsass.
Am 26. März 1324 fand in Wien die Hochzeit zwischen Erbgräfin Johanna von Pfirt und Herzog Albrecht II. von Habsburg (1298–1358), Sohn des römisch-deutschen Königs Albrecht I. und seiner Ehefrau Elisabeth von Kärnten, Görz und Tirol, statt. Im Jahr 1330 traten bei Herzog Albrecht Lähmungserscheinungen an Armen und Beinen auf (Polyarthritis). Das war auch deshalb ein Unglück, weil trotz sechsjähriger Ehe Johanna noch nicht schwanger geworden war. 1337 begab sich der Herzog deshalb auf eine Wallfahrt zu den Reliquien der rheinischen Heiligen in Köln und Aachen. Das vom Himmel erbetene Wunder trat ein: Ende 1339 brachte die 39-jährige Herzogin ihr erstes Kind Rudolf zur Welt.