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Christoph Scheiblers Vater war der lutherische Prediger und Magister Johannes Scheibler (* 2. November 1553 in Gmünden; † 31. Oktober 1597 in Armsfeld) aus Gemünden an der Wohra und dessen zweite Frau Elisabeth Schmandt (* Gmünden; † 29. Oktober 1597 in Armsfeld). Christophs Eltern verstarben 1597 an der Pest. Betuchte Verwandte in Gemünden nahmen das Waisenkind auf. Schon frühzeitig verriet er eine außergewöhnliche Begabung. Nach dem Besuch des Marburger Pädagogiums hörte Christoph Scheibler ab 1603 in Marburg philosophische, philologische und theologische Vorlesungen. 1606 setzte er seine Studien in Gießen fort, wo er am 8. Oktober 1607 als Schüler von Nicolaus Braun und Caspar Fink bei der ersten Gießener Magisterpromotion im Beisein des Universitätsgründers, Landgraf Ludwig V., die philosophische Magisterwürde erlangte. Scheiblers Liber sententiarum, begründete seinen wissenschaftlichen frühen Ruhm. Philosophische Kernsätze werden hier erläutert, es stehen die Gegenstände der Metaphysik im Vordergrund.
Seit 1610 war er in Gießen als Professor für Logik und Metaphysik tätig. In Gießen beteiligte er sich auch an den organisatorischen Aufgaben der Hochschule und war 1617 Rektor der Alma Mater. Am 25. Mai 1624 vollzog der Graduierte der ersten Gießener Magisterpromotion die letzte Gießener Magisterpromotion vor der ersten Aufhebung der Universität. Danach siedelte er nach Marburg um und wurde Professor für Theologie. 1625 wurde Christoph Scheibler in Dortmund zum Superintendent und Leiter des Archigymnasiums berufen. Während dieser Lehrtätigkeit setzte er sich intensiv mit dem Katholizismus auseinander und trat als Fürsprecher der Lutheraner in theologischen Aufgaben hervor.
Der Wissenschaftler Christoph Scheibler wurde durch seine von der aristotelischen Schulphilosophie ausgehende selbständige Darlegung der Metaphysik bekannt. 1617 erschien sein wichtigstes Werk, das zweibändige von Jakob Martini stark beeinflusste Opus metaphysicum. Er stellte darin die Metaphysik gegensätzlich zu den Wittenberger Theologen dar, die diese als reine Seinslehre auffassten. Im Gegensatz zu diesen ergänzte er die Metaphysik um theologische Begrifflichkeiten wie Gott, Engel und Seele.