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Bei der Herkunft der Zollern bleibt vieles im Dunkeln.[1] Frühere Gelehrte hatten aufgrund des Namens fälschlicherweise angenommen, Burkhard würde dem mittelalterlichen Geschlecht der Burchardinger entstammen.[2] Historisch sichere Aussagen über die Herkunft Burkhards abzugeben, ist nicht möglich.
In den Annalen des Reichenauer Mönchs Berthold werden die 1061 getöteten Burchardus et Wezil de Zolorin erwähnt. Eine Verwandtschaft zueinander ist nicht belegbar, wenngleich in späteren Quellen diese unterstellt wird. Ob die Edlen in einer Fehde gefallen sind oder nicht, wird in der Niederschrift des Mönches nicht geklärt.
Bei seinem Vater könnte es sich um Friedrich handeln, einem Grafen im Sülichgau (entspricht etwa dem heutigen Landkreis Tübingen). Bei der Mutter wird Irmentrud, Tochter von Graf Burkhard von Nellenburg vermutet. Nächster bekannter Hohenzoller ist Friedrich I.