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Klosterneuburg bei Wien oder möglicherweise in Königslutter am Elm neben ihrem Gemahl und ihren Eltern. Im 13. Jahrhundert wurden ihre Gebeine in die Grablege der Babenberger im Kapitelsaal des Stiftes Heiligenkreuz überführt.
Über Gertruds Aufwachsen geben Quellen nahezu keine Auskunft. An Ostern 1115 nach 15 Jahren kinderloser Ehe ihrer Eltern geboren war Gertrud Alleinerbin des Herzogtums Sachsens sowie nach der Wahl ihres Vaters zum Kaiser eine hochrangige Partie zur Heirat. Es kann angenommen werden, dass sie auf diese Rolle und die daran gebundenen Erwartungen im Rahmen ihres Standes vorbereitet worden ist. Von Gertrud selbst sind keine schriftlichen Zeugnisse erhalten. Ihre späte Geburt machte weitere Nachkommen sehr unwahrscheinlich. Lothar von Sachsen hatte unter anderem durch Heirat große sächsische Gebiete unter sich zusammengeschlossen[1], nicht zuletzt durch die Belehnung mit dem Herzogtum Sachsen und dem brunonischen Erbe seiner Schwiegermutter Gertrud der Jüngeren von Braunschweig. Gertruds Vorfahren hatten sich bereits als politisch aktiv erwiesen: Ihr Urgroßvater Otto von Northeim gilt als Anführer der Opposition im sogenannten Sachsenkrieg gegen Heinrich IV.