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Er verfasste Grammatiken des Hebräischen, des Chaldäischen und des Syrischen sowie Monographien über semitische Münzen und Masse. Neben verschiedenen theologischen Schriften setzte Waser die Chronik von Johannes Stumpf von 1586 bis 1606 fort und übersetzte mathematische Schriften von Leonhard Zubler (1563–1611) ins Lateinische[3]. Sein theologisches Hauptwerk, das Lexicon biblicum, blieb unvollendet.